Cet atelier centré sur la phylogénie moléculaire permet d’illustrer par la pratique des notions vues théoriquement en cours et est particulièrement conseillé en fin de première année.

Le but de l’atelier est de reconstruire un arbre phylogénétique regroupant différentes espèces de genêts à partir de séquences d’ADN. Cet arbre phylogénétique permettra de connaître la distance génétique entre les différentes espèces analysées et sera utilisé comme aide à la sélection.

Durée : 

  • 3h + 2h30 sur une journée

Techniques utilisées :

  • Extraction d’ADN par kit ;
  • Dosage des ADN extraits par spectrophotométrie ;
  • Réaction de polymérisation en chaîne (PCR) ;
  • Electrophorèse.

Déroulement pédagogique :

  • Matin (3h)
    • Présentation du contexte et des objectifs de la journée (10 min)
    • Explication de l’utilisation d’une micropipette (ou rappels) et tests (10 min)
    • Atelier pratique : extraction d’ADN à partir de tiges provenant de différentes espèces de genêts, explication théorique des différentes étapes d’une extraction d’ADN (1h20)
    • Atelier pratique : dosage de la quantité d’ADN extrait par spectrophotométrie (15 min)
    • Explication de la technique de PCR, discussion sur le choix des amorces, de la zone d’amplification choisie et des étapes de la mise au point technique (30 min)
    • Atelier pratique : Préparation du mélange de PCR et lancement du programme (25 min)
    • Préparation des gels d’agarose pour l’électrophorèse de l’après-midi (10 min)

 

  • Après-midi (2h30)
    • Atelier pratique : électrophorèse des produits de PCR obtenus le midi, rappels sur la théorie et exercices sur les profils qui seront théoriquement obtenus, visualisation des résultats (50 min)
    • Atelier pratique : purification des produits de PCR, étape préalable au séquençage (20 min)
    • Explication théorique des objectifs et étapes de la technique de séquençage dont lecture de chromatogrammes (en montrant notamment des double pics), présentation des séquences (20 min)
    • Découverte et utilisation d’un logiciel d’alignement de séquences (30 min)
    • Explication théorique des méthodes d’obtention d’arbres phylogénétiques, découverte et utilisation d’un logiciel de construction d’arbres, étude de l’arbre final et conclusion quant à la problématique (quelles sont les espèces de genêts les plus proches et dont le croisement est le plus susceptible de donner des descendants) (30 min)